EVA

未知的年代，神给世人以天罚——第一次浩劫（First Impact），七日七夜的洪水中只有两个人乘诺亚方舟活了下来。
1999年，冬月与碇唯在京都大学相识。不久之后，六分仪源堂和冬月相识。当时源堂和唯已经在交往中。源堂一边接近唯，同时也一边接触她背后的组织Seele。
2000年9月13日，第二次浩劫（Second Impact）发生。在南极大陆上发生了一起给地球带来巨大浩劫的异变...